Zavedení zubního implantátu je jedním z nejbezpečnějších stomatochirurgických ošetření, přesto i zde určitá omezení jsou.

Absolutně kontraindikováno (vyloučeno) je provádění implantací u pacientů s těžkými celkovými onemocněními, v průběhu probíhající onkologické léčby, u pacientů v transplantačním programu nebo u těhotných žen.

Ošetření implantáty je také absolutně vyloučeno při užívání některých druhů léků, a nichž nejzávažnější skupinou jsou bisfosfonáty používané k léčbě těžkých forem osteoporózy a kostních nádorů. Tyto léky mohou způsobit nekrózu čelistních kostí, a vyvolat tak mnohem závažnější následky, než měla samotná ztráta zubů

Relativní kontraindikací může být například těžká forma cukrovky, krevní onemocnění (poruchy srážlivosti) nebo některá onemocnění spojená s poruchami imunity. Relativní kontraindikací je ale třeba i paradentóza, kterou je potřeba před vlastním ošetřením stabilizovat, nedostatečná ústní hygiena nebo kouření.

Většinu pacientů s relativními kontraindikacemi je ale možné na implantaci předem připravit a ošetření je pak možné i u nich s minimálním rizikem.